우리나라 선박에 승무하는 비거주선원의 선원근로계약상 근로조건은 많은 부분에서 선원법상의 근로조건 기준과 상이한 점이 있다. 이는 비거주선원의 근로조건을 선원법상 근로조건으로 적용하지 않고, 선박소유자 단체와 선원 노동조합 단체 간에 체결된 단체협약으로 정하고 이를 적용하는 것이 거래의 실정이기 때문이다. 현재의 해운수산 산업계에서는 비거주선원의 단체협약을 별도로 체결 및 적용하고 있는 형태가 관행화 및 고착화 되어 있으며, 비거주선원의 선원근로계약관련 법 적용 시 우리나라 선원법이 아닌 별도의 단체협약을 통하여 제3의 법률을 준거법으로 하고 있으므로, 이는 국제사법에서와 같이 외국적 요소가 포함된 근로계약에 대하여 당사자가 그 준거법을 선택할 수 있도록 당사자자치의 원칙을 인정하고 있는 부분과 동일한 입장을 취하고 있다고 볼 수 있다.
그러나 우리나라 선원법 제3조는“특별한 규정이 있는 경우를 제외하고 「선박법」에 따른 대한민국 선박(「어선법」에 따른 어선을 포함한다), 대한민국 국적을 취득할 것을 조건으로 용선(傭船)한 외국선박 및 국내 항과 국내 항 사이만을 항해하는 외국선박에 승무하는 선원과 그 선박의 선박소유자에 대하여 적용한다.”라고 명시하고 있다. 우리나라 선원법은 명시된 바와 같이 그 법적 성질이 일방적이고, 적극적인 저촉규정으로 해석된다. 이러한 성질의 우리나라 선원법은 우리나라 국적의 선박에서 근로를 하기 위한 우리나라 국적의 선원을 위해 체결된 선원근로계약 외에 비거주선원이라는 외국적 요소가 있는 선원근로계약시에도 적용되어야 할 것이다. 또한, 우리나라 선원법은 외국적 요소가 있는 선원근로계약 관련 법 적용시 그 준거법 지정에 관하여 우리나라 외의 다른 국가의 실질법 또는 제3의 법률의 지정의 가능성이 배제되고 오로지 우리나라 선원법만을 적용한다는 점을 명정하고 있으므로, 이는 산업계의 거래의 실정과 국제사법의 당사자자치의 원칙을 부인하는 폐쇄적이고 경직된 입법태도라고 할 수 있다.
우리나라와 같이 비거주선원이 자국선박에 많이 고용되어 있는 덴마크, 독일, 프랑스 등의 국가에서는 외국적 요소가 있는 선원근로계약의 경우에 자국법에 선박소유자단체와 노동조합간에 제3국 법률을 준거법으로 하는 단체협약의 체결을 인정하는 규정을 두고 있다. 따라서 우리나라 선원법도 선진화된 타 국가의 사례를 참고하여, 해운수산 산업계의 거래의 실정인 비거주선원의 단체협약체결의 인정에 관한 법률적 근거 마련 등 당사자자치의 원칙을 보장할 수 있도록 선원법의 정비가 필요하다고 본다.
따라서 이 논문은 국적선박에 승무하는 비거주선원수가 지속적으로 증가하고 있는 점을 감안하여, 비거주선원의 선원근로계약관련 법 적용시 해운수산 산업계의 거래의 실정에 맞게 비거주선원에 적용되는 별도의 단체협약을 체결함과 동시에 제3의 법률을 준거법으로 선택하는 것을 인정하는 개방형 규정을 도입할 필요가 있다는 입법론적 제안을 하였다. 또한 선원법상 선박소유자단체와 국내 선원노동조합단체간 해사노동협약상의 근로 및 생활기준을 충족하는 단체협약을 체결할 수 있는 규정을 도입하고, 비거주선원과의 선원근로계약은 체결된 단체협약을 충족하는 범위 내에서 체결하도록 하는 규정을 신설할 것을 제안하였다.